崇祯22年1649年9月，孔有德、耿仲明、尚可喜以及吴三桂等数百个守备以上降将被判处磔刑，继而押赴菜市口凌迟处死。
吴三桂据说被割了足足三千六百刀才终于咽气。
祖大寿因为年老体衰，还没等到公审就病死了，因而得以逃过一劫，但是他的几个儿子还有孙子都没能逃过惩罚，都被凌迟处死。
还有孔耿尚各家男丁，全部凌迟处死。
这其实并非崇祯本意，崇祯并不想杀这么多人。
像吴三桂、孔有德这些首恶当然应该千刀万剐，但是像祖泽清、耿精忠、尚之信这些就真没必要处死，耿精忠和尚之信此时还只是个孩子。
但是有些事连崇祯也阻止不了，因为众怒难犯。
不让老百姓把胸口的这口恶气泄出去，就有可能落在他的头上，两害相权取其轻，崇祯就只能选择将吴三桂、孔有德等降将灭门。
9月下旬，京师的事务终于告一段落。
崇祯终于得以率禁卫旅离开京师南下。
禁卫旅也已经正规化，兀巴炭等八百夷丁已经全部调去了辽东，充当即将编练好的五个骑兵师的军官，现在的禁卫旅的军官全部都由士子以及国子生充任，五千多名士兵则从北直镇的十余万将士之中选拔。
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